学者ではないので詳細は省きますが、大きな違いは大きさ。
そして自己増殖する（細菌）かしないか（宿主［細胞］に寄生して死滅するまで増殖）です。
単純に、寄生して養分を摂り自己増殖するだけの細菌と、細胞を宿主にして死滅するまで破壊し続けるウイルスという感じでしょうか。足にできる水虫が、良い例ですね。足を痒くさせたり水ぶくれを作ったりしますが、足を破壊することはありません。
上図はイメージなので実際の大きさではありませんが、ウイルスは髪の毛の直径600分の1という大きさです。
根を張ったら水や栄養があればそこから成長する細菌やカビですが、根っこそのものに寄生して破壊し続け、破壊が終わったら次へ増殖するウイルスみたいな。。。
両者に共通するのは『遷る（うつる）』ということでしょうか。植物みたいに根を張ってモリモリ増殖するだけの菌類と、宿主を破壊しながら増殖するだけのウイルス。どちらもイヤで理屈は良くわかりませんが、破壊されるのはダメかなと。
これらの増殖を抑えるためにマスクが必要なのですね。いわゆるN95というものですが、油性溶剤を扱っている業者さんは要注意ですよ（塗装屋含め）。N95の『N』はnot resistant to oil：いわゆる耐油性ナシを意味します。R（耐油性）かP（防油性）の付いたものを使用しましょう。
ガーゼなどで自作している人もおられるようですが、全国マスク工業会のマークの付いたものを使用するのが無難な気がします (*’-‘*)
（画像は日本衛生材料工業連合会から拝借しました）